L’Institut de Recherche en Santé, de Surveillance Épidémiologique et de Formation (IRESSEF) abrite depuis ce lundi 21 juin trois types de formations que sont :

  • Une formation sur la décentralisation des tests de biologie Moléculaire
  • Une formation sur le diagnostic moléculaire et le génotypage des parasites du paludisme
  • Une formation sur le transport des échantillons infectieux

1  L’atelier de formation sur la décentralisation des tests moléculaires dans les régions du Sénégal permettra aux experts de l’IRESSEF de renforcer les techniciens et biologistes venus des différentes régions sur la détection moléculaire des microorganismes. L’objectif est surtout de leur permettre d’être autonomes et indépendants sur les méthodes de diagnostic moléculaires des pathogènes en général et du SARS-CoV-2 en particulier.

L’IRESSEF, avec sa plateforme génomique, un personnel jeune bien formé en génotypage et dans l’analyse bio-informatique des données, est autonome et aide les autres laboratoires du Sénégal à être indépendants sur le plan du diagnostic et de la recherche.

Il faut rappeler qu’à ce jour l’IRESSEF a réalisé 900 séquences du SARS-CoV-2 collectés essentiellement dans la région de Thiès et de quelques districts de Dakar et a isolé pour la première fois le variant B.1.1.7 (ALPHA) et récemment le variant B.1.617 (DELTA). L’IRESSEF fait de la recherche des variants d’intérêt une priorité et alerte à temps réel les autorités sanitaires du pays.

Sur les variants d’intérêt trouvés à IRESSEF 95% sont les variants ALPHA et 5% appartiennent à la lignée DELTA.

2- L’atelier de formation sur le diagnostic moléculaire et le génotypage des parasites du paludisme

En partenariat avec le MRC Gambie cet atelier est organisé dans le cadre des activités du réseau WANETAM (West African Network in Tuberculosis, AIDS and Malaria). Des biologistes et des techniciens de pays voisins tels que le Mali, la Gambie et le Burkina Faso mais aussi des biologistes et techniciens locaux de l’UCAD et de Institut Pasteur de Dakar y participent. Cet atelier permettra de mieux comprendre les concepts fondamentaux de la biologie moléculaire en tant qu’outil de diagnostic du paludisme et apprendre les pratiques d’assurance qualité et d’autres considérations dans la mise en place d’un laboratoire de biologie moléculaire pour l’élimination du paludisme

3- La formation sur le transport des échantillons infectieux

Cette formation est destinée en priorité aux personnels de laboratoire qui sont impliqués dans l’expédition des échantillons pour le diagnostic des maladies infectieuses à potentiel épidémique, en particulier celles présentant un risque majeur de dissémination (Coronavirus, Fièvre hémorragique, tuberculose, poliomyélite…).

Après cette formation d’une semaine, les participants venus des différents laboratoires du pays seront en mesures:

  • 1-D’appliquer les compétences techniques d’expédition des matières infectieuses par voie aérienne ou terrestre en conformité avec les directives actuelles sur la réglementation pour le transport des substances infectieuses
  • 2 -De référer aux directives actuelles sur la réglementation pour le transport des matières infectieuses
  • 3-De promouvoir une pratique d’emballages sûrs et appropriés pour l’expédition des échantillons par voie aérienne
  • 4-De faciliter les envois dans le respect de la réglementation en vigueur

Ce sera l’occasion aussi pour IRESSEF de faire le bilan sur les tests PCR et les différents variants qui existent au Sénégal.

Tous ces ateliers entrent dans le cadre du renforcement de capacité que l’institut prône pour accompagner les collègues sénégalais et africains sur l’autonomisation dans le domaine de la santé.

Tout part d’un transport d’échantillons dangereux en respectant toutes les normes de biosécurité requises. Ensuite des méthodes de diagnostic moléculaires fiables qui sont les méthodes de références pour la plupart des pathogènes et enfin l’identification par le génotypage.


Les mutations font partie du mode de fonctionnement normal pour les  virus. Leur survie dépend de ces mutations, qui vont leur permettre de s’adapter à leur environnement, aux différents hôtes qu’ils infectent.

Vers la fin de l’année 2020, on a observé une propagation des variants du coronavirus ( SARS-CoV-2 ) particulièrement contagieux

Selon l’Organisation mondiale de la santé (OMS) :

Le variant britannique est désormais retrouvé dans  70 pays et territoires au 25 janvier, soit 10 de plus qu’au 19 janvier

Le variant sud-africain qui, comme le britannique, est beaucoup plus contagieux que ne l’était le virus SARS-CoV-2 originellement, poursuit aussi sa propagation, et est désormais présent dans 31 pays et territoires, soit dans 8 pays de plus

Le variant brésilien a quant à lui été signalé dans six nouveaux pays, soit 8 au total. 

C’est ainsi que l’IRESSEF en collaboration avec des collaborateurs du «  MRC Unit The Gambia at LSHTM « ont  procédé au séquençage d’ échantillons de la deuxième vague du Sénégal par Whole Genome sequencing puis ont réalisé le génotypage avec la méthode des next generation sequencing ( NGS)

 

Nous vous informons avoir confirmé la présence d’un variant britannique SARS COV-2 dans ces échantillons.

 

Du fait que ces variants se transmettent plus rapidement, ce qui  pourrait expliquer la vitesse de propagation de la maladie dans certains pays, il est impératif d’appliquer scrupuleusement les mesures de prévention individuelle et collective .

Professeur Souleymane MBOUP

President IRESSEF