L’Institut de Recherche en Santé, de Surveillance Épidémiologique et de Formation (IRESSEF) et le Centre international de recherche et de formation en Génomique Appliquée et de Surveillance Sanitaire (CIGASS) au Sénégal organisent un atelier de bio-informatique en présentielle du 10 au 15 octobre 2022.

Durant une semaine les chercheurs venus de différents pays du monde avec 15 nationalités différentes vont échanger à Iressef Diamniadio sur les méthodes de séquençage du génome entier et sur les analyses bio-informatiques des séquences générées, en utilisant le SARS-CoV- 2 comme exemple.

Le Professeur Tulio de Oliveira du Centre for Epidemic Response and Innovation (CERI) et le Professeur Luiz Alcantara Jr. De Fundaçao Oswaldo Cruz (FIOCRUZ) et leurs équipes aideront à faciliter cette formation. Ils sont à l’avant-garde des efforts de renforcement des capacités en bio-informatique, avec une expérience dans les programmes de formation en bioinformatique à grande échelle. Cet atelier sera organisé avec le soutien des centres de recherche CREID, UWARN, PICREID, WAC-EID et WARN-ID sans oublier l’appui de EDCTP et de WANETAM.

Les participants bénéficieront notamment des compétences dans les processus de l’assemblage du génome, le contrôle de la qualité, la soumission au niveau des plateformes GISAID et au NCBI, l’interprétation des données.

Cet atelier s’adresse aux techniciens de laboratoire, aux chercheurs, aux
bio-informaticiens, les spécialistes en maladies infectieuses, les cliniciens, les scientifiques chevronnés et d’autres pour lesquels une formation en bioinformatique serait utile.

Veuillez noter que la formation virtuelle en bio-informatique est en cours depuis le 3 octobre et se terminera ce vendredi 7 octobre 2022.

Les virus classés dans la catégorie des Poxviridae comprennent les principaux agents pathogènes humains, la variole, l’agent de la variole, et le virus de la variole du singe. 

Au cours du vingtième siècle, on estime que la variole a causé plus de 500 millions de décès humains. Pourtant, la maladie et le virus circulant naturellement. La campagne mondiale d’éradication de l’Organisation mondiale de la santé (OMS) de la variole a été déclarée un succès en 1980.

Malgré l’éradication de la variole humaine, le virus de la variole reste une source d’inquiétude, car il est possible que des stocks clandestins de ce virus soient entre les mains de bioterroristes. De plus la variole du singe, une zoonose, reste endémique dans certaines zones d’Afrique.

 L’impact d’une réintroduction du virus de la variole dans la population humaine serait encore plus catastrophique qu’au cours du siècle dernier. 

Les programmes de vaccination ont été abandonnés dans le monde entier vers 1976, la prévalence des populations immunodéprimées a augmenté et la mobilité, y compris les voyages aériens intercontinentaux, a accéléré le rythme de la propagation virale dans le monde entier. À titre d’exemple, le virus de la variole du singe, qui persiste dans des foyers endémiques en Afrique occidentale et centrale, a récemment été importé par inadvertance aux États-Unis via une cargaison de rongeurs en provenance du Ghana. Plus de 50 infections humaines ont été documentées comme à la suite d’un contact étroit avec des animaux infectés dont on a retrouvé la trace dans cette expédition. 

 Dispositif à IRESSEF : L’IRESSEF dispose de deux MEPHIPOINT dont un installé à l’institut et un autre qui peut être déployé en cas de besoin. Le MEPHIPOINT est un laboratoire mobile qui permet de délocaliser et démultiplier au plus proche de la population le prélèvement et l’analyse biologique en toute sécurité. Il est composé de : 

La MEPHICAB : La cabine mobile conçue pour sécuriser le prélèvement biologique et abriter un mini-laboratoire de diagnostic avec trois objectifs :

 

Sécurité: permet la séparation de l’opérateur du patient grâce à quatre dispositifs 

  • Une paroi étanche + gants qui séparent physiquement l’opérateur du patient 
  • Un dispositif de filtration d’air HEPA à l’entrée et à la sortie de la cabine 
  • Un système de surpression/dépression 
  • Un système de transfert d’échantillon décontaminant 

Mobilité : léger, structure gonflable et transportable dans deux cantines L. 100 x l. 55 x H. 40 cm

Rapidité : installation de la cabine en 5 minutes par deux personnes

 

Le MEPHILAB : borne laboratoire mobile et sécurisée qui permet la préparation des tests de diagnostic à partir d’échantillons biologiques en protégeant l’opérateur et l’échantillon. MEPHILAB peut être équipé de 2 à 6 mini-automates de RT-PCR pour la détection de pathogènes de tout genre.

 

 

 

 

 

ADENA est une enceinte ADN/ARN free dédiée aux préparations de biologie moléculaire y compris le séquençage génomique. Elle est pensée pour répondre aux objectifs de protection de l’échantillon contre les contaminations croisées. Elle est équipée de trois sas de décontamination : 

  • Un sas de décontamination échantillon équipé d’un bain d’eau de Javel 
  • Un sas de décontamination d’instruments équipée d’UV-C 
  • Un sas poubelle équipé d’UV-C. 

Contexte :

Le Monkeypox (Orthopoxvirus simien) ou variole du singe est une zoonose qui touche aujourd’hui 12 pays de l’OMS de l’Europe et des Etats Unis et est entrain de propager dans le reste du monde.

  • L’impact d’une réintroduction du virus de la variole dans la population humaine serait encore plus catastrophique qu’au cours du siècle dernier. 
  • Les programmes de vaccination ont été abandonnés dans le monde entier vers 1976
  • La prévalence des populations immunodéprimées a augmentée 
  • Les voyages aériens intercontinentaux, a accéléré le rythme de la propagation virale dans le monde entier

En visite officielle au Sénégal, Pierre-Yves Jeholet, le Ministre-Président de la Fédération Wallonie-Bruxelles a saisi l’opportunité pour visiter les locaux de l’Institut de Recherche en Santé, de Surveillance Epidémiologique et de Formation (IRESSEF), ce mardi 17 mai en compagnie de sa délégation. Cette visite a pour objectif d’amplifier la collaboration avec l’Iressef qui travaille dans la recherche sanitaire et la formation.

Depuis le mois de mai 2018, l’Iressef collabore avec plusieurs entités de la Wallonie pour le développement d’un centre de bio-production à Diamniadio, l’organisation d’un master de spécialisation qui aborde spécifiquement les risques sanitaires à l’interface entre l’Homme, l’animal et l’environnement.

Cette collaboration s’oriente également vers « le développement d’une plateforme de diagnostic moléculaire de la covid-19 semblable à celle que l’Université de Liège a mis en œuvre en Belgique en réponse à la pandémie.

Pour sa part, le professeur Souleymane Mboup, président fondateur de l’Iressef, s’est félicité de la visite de l’officiel wallon et a assuré que l’implémentation du centre de développement de bioproduits, « avec toutes les opportunités de formation », sera construit dans le moyen terme.

Pour rappel, Pierre-Yves Jeholet est devenu ministre-Président de la Fédération Wallonie-Bruxelles en 2019, il a été vice-président et ministre de l’Economie, de l’Industrie, de la Recherche, de l’Innovation, du Numérique, de l’Emploi et de la Formation du Gouvernement wallon.

Une délégation de haut niveau du Bureau régional de l’OMS pour l’Afrique a visité ce mercredi 11 mai les différents laboratoires de l’IRESSEF. Cette délégation de plus de 20 experts, conduite par le Dr Lucile Imboua représentant de l’OMS au Sénégal a pour objectif de s’enquérir des activités de recherche de l’institut, le développement, l’innovation et surtout les opportunités de collaboration du comité exécutif avec l’IRESSEF dont a sa tête le Professeur Souleymane Mboup. Ce dernier n’a pas manqué de faire le point sur les progrès de l’institut depuis sa création.

Ainsi l’institut est selon le Professeur Mboup une organisation d’utilité publique à but non lucratif dont la vocation première est de soutenir les politiques de santé publique édictées par l’Etat du Sénégal.
Les activités de diagnostic et de recherche dans l’effort national de riposte à la pandémie de covid-19 en sont une parfaite illustration.

L’IRESSEF est orientée vers la Recherche en Santé Publique, la Formation et le renforcement de capacité, l’assistance technique et les prestations de services.
Il est actif dans plusieurs réseaux de recherche clinique, biomédicale, épidémiologique ou en sciences sociales, aux niveaux régional et intercontinental.

Cet institut pluridisciplinaire, doté de laboratoires et d’équipements modernes de dernière génération est accrédité aux normes internationales de qualité de sécurité et de compétence.
Il souhaite favoriser l’épanouissement des chercheurs et mettre un frein à la fuite des cerveaux qui, de l’avis du Professeur Mboup, constitue une préoccupation majeure en Afrique.
La délégation d’experts de l’OMS conduite par le Dr Lucile Imboua a adressé ses vives félicitations au Professeur Mboup et à son équipe pour la création de l’Institut et pour les efforts permanents de soutien aux politiques de santé publique.

Le Dr Imboua est très enchanté par les efforts du Professeur pour lutter contre la fuite des cerveaux ; Cette action a pour mérite de réduire la fracture sanitaire par l’attraction et le maintien sur le continent Africain des compétences et ressources humaines. Elle a annoncé en perspective, l’élaboration de programmes de recherche sur les problèmes de santé pendants dans la région et ces programmes pourraient être conduites conjointement avec l’IRESSEF.

Malgré les efforts des gouvernements pour l’acquisition de vaccins, l’Afrique est toujours à la traîne dans la vaccination anti-Covid19. Un retard qui risque d’être préjudiciable aux populations qui sont de plus en plus vulnérables face au coronavirus même si l’épidémie qui fait trembler le monde depuis deux années, a fait moins de dégâts dans le continent noir.

C’est fort de ce constat que AFRICA CDC, en collaboration avec la Fondation Mastercard, a mis en place un programme dénommé « Sauver des vies et moyens de subsistance » aux fins d’augmenter la couverture vaccinale en Afrique de 8,87% à 60-70% en une année. Doté d’un financement de 1,5 milliard de dollars ce programme vise à faciliter l’accès aux vaccins pour au moins 65 millions de personnes. Il a aussi pour objectif de « faciliter tout ce qui est livraison, suivi et le processus de vaccination sans oublier le suivi des effets indésirables, c’est-à-dire la pharmacovigilance ». Le but final, c’est de créer des centres de vaccination.

La bonne nouvelle, c’est que ce programme pourra être déroulé au Sénégal puisque l’Institut de recherche en santé, de surveillance épidémiologique et de formation (IRESSEF) a été sélectionné par Africa CDC. Il s’agira pour l’Iressef de mettre en place un réseau de surveillance de la Sécurité pour surveiller et signaler les effets indésirables des vaccinations contre la Covid-19 en Afrique de l’Ouest. Il est aussi question de la mise en place et de la gestion de centres de vaccination contre la Covid-19 avec un volet formation et recrutement de vaccinateurs pour l’Afrique de l’Ouest.

« Le premier message que je voudrais lancer, c’est que c’est un honneur pour le Sénégal d’avoir été choisi pour toute l’Afrique de l’Ouest », a réagi le professeur Souleymane Mboup, président fondateur de l’IRESSEF. Il est d’autant plus fier que cette consécration intervient au moment où le président du Sénégal s’apprête à prendre les commandes de la Conférence des chefs d’État de l’Union africaine. « C’est un double honneur », exulte le virologue qui invite tous les sénégalais à œuvrer ensemble pour la réussite de cette mission dont le principal but est de relever le taux de la couverture vaccinale pour la santé des populations africaines.

Apparu en Chine en décembre 2019, le Coronavirus a considérablement changé la marche du monde. Beaucoup d’habitudes et de normes ont été perturbées par ce virus qui n’a pas encore fini de faire parler de lui. En Afrique, son incidence a été moindre et les nombres de cas enregistrés n’ont pas égalé le tsunami européen ou américain. À quoi cela est-il dû ? Les scientifiques cherchent des réponses et n’ont pas encore une explication définitive.

Il faut au préalable savoir que le coronavirus est l’une de ces maladies émergentes ou réémergentes qui rythment le quotidien du continent africain depuis les années 50 comme l’illustre une étude du Professeur Souleymane Mboup intitulée « Pandémie Covid-19 : leçons apprises ». Le Chikungunya est apparu en Ouganda en 1952, suivi de Zika qui s’est signalé en Ouganda dix ans après. Ça ne s’est pas arrêté jusqu’au coronavirus qui fait son apparition sur le continent vers février 2020. En Août 2020, l’Afrique recensait 1,267 656 contaminations pour 30 294 décès.

Cette évolution épidémiologique n’inquiétait pas beaucoup de personnes sur le continent d’autant que la maladie semblait avancer à un rythme moins grave en Afrique que dans les pays du nord. Ce que certains ont voulu expliquer par l’âge. Il a été constaté, selon le professeur Mboup, que le nombre de décès enregistrés en Afrique était 40 fois plus bas que le reste du monde. Ensuite, le facteur génétique s’est invité au débat mais n’a pas résisté à un fait. Aux États-Unis, les afro-américains « plus proches des africains » sont « proportionnellement les plus touchés, écartant cette hypothèse de facteurs génétiques », fait remarquer le Professeur Souleymane Mboup. Ce facteur mis hors de cause, un autre est étudié. Il s’agit de « la différence considérable dans les rapports à l’environnement entre l’Afrique, l’Europe et les États-Unis ». À ce niveau, il sera question de chercher à savoir si le système immunitaire est façonné par les facteurs environnementaux, c’est-à-dire le temps et degré d’exposition aux micro-organismes et aux parasites.

Ensuite, les hypothèses hygiéniques sont étudiées, à savoir l’exposition permanente aux environnements hostiles. Le but recherché est de savoir si cela provoque la reprogrammation des cellules innées ou procure une réponse « mémoire virtuelle ». Mais l’hypothèse la plus plausible est que « l’exposition plus élevée aux pathogènes en Afrique pourrait vraisemblablement contribuer au contrôle du SARS-COV-2 ». Les études sont toujours en cours pour comprendre pourquoi l’Afrique est moins exposée.

Et si le secret se trouvait dans la gestion de la pandémie. Le cas du Sénégal est intéressant. Dès la détection du 1er cas en février 2020, l’étude lue à Dakaractu rapporte qu’une réponse inspirée de la riposte contre la fièvre hémorragique à virus Ebola a été mise en place. Les cas suspects sont isolés, testés et pris en charge. Les responsables de la prise en charge médicale jettent leur dévolu sur l’hydroxychloroquine et l’azithromycine qui donnent des résultats satisfaisants même si des innovations scientifiques en thérapeutique ont fait leur apparition à l’image de Merck ou le Molnupiravir, un antiviral qui réduit le risque d’hospitalisation ou de décès.
Pour amoindrir les risques de contamination, décision a été prise d’interdire les rapatriements de corps.
À cela s’est ajouté une série de mesures étatiques dont la plus marquante est l’instauration d’un état d’urgence sanitaire. Une enquête de K SOW a montré que les populations ont adhéré à ces restrictions et aux gestes barrières. Selon ladite investigation, 94,4% des enquêtes affirment avoir réduit les visites alors qu’ils sont 99,4% à se laver les mains le plus souvent.

Toujours selon cette enquête citée dans la présentation du Professeur Souleymane Mboup, 95,4% évitent de serrer la main et les accolades tandis que la fréquentation des lieux de culte connaît une baisse avec 89,9% de fidèles qui ont décidé de ne plus y aller le temps que la tempête s’estompe.

Mais ça, c’est avant le mois de mai 2020 et le début des contestations. Les autorités qui ont pourtant essayé d’accompagner les familles impactées en leur dotant de vivres décident d’assouplir les restrictions. Le couvre-feu qui accompagnait l’état d’urgence est réduit mais une résurgence de la maladie est vite constatée. En septembre, le nombre de dépistés baisse.

Février 2021 inaugure l’ère d’une nouvelle stratégie avec la prise en charge à domicile des cas asymptomatiques. Le même mois, le Sénégal démarre sa campagne de vaccination avec Sinopharm. Une campagne qui n’empêche pas la survenance d’une troisième vague qui a duré moins de deux mois mais durant laquelle plus de 27 000 cas ont été recensés. Dans la même période, 459 personnes sont déclarées mortes de la Covid-19 au Sénégal, soit une moyenne de 9 décès par jour. Cette augmentation exponentielle est causée par le variant Delta détecté en Inde et qui devient la souche dominante dans le monde. Les laboratoires impliqués dans le dépistage devaient à cet instant s’adapter en s’équipant en conséquence. À l’Institut de recherche, de surveillance épidémiologique et de formation (Iressef), on s’est organisé pour faire face à ce nouveau défi pour réaliser au minimum 1000 séquences par semaine. Quelles leçons avons-nous tiré de cette maladie ?

À la lecture du document présenté par le professeur Mboup, on est tenté de reconnaître que l’Afrique a marqué des points. En témoignent les efforts faits pour dépister le maximum de personnes à travers le Partenariat pour accélérer le dépistage de la Covid-19 en Afrique (PACT). Plus de deux millions de tests ont été effectués deux mois avant la date cible, indique le Professeur Mboup qui rappelle que la moitié des tests ont été facilités par le CDC Afrique. Il a été mis en ligne un marché en ligne pour permettre la fourniture d’équipements médicaux essentiels liés à la Covid-19 en Afrique. En revanche, d’énormes efforts restent à faire dans le cadre de la vaccination. Sur son objectif de vacciner au moins 900 millions de personnes, représentant 70% de la population, le continent noir est loin du compte. Alors que le besoin de vaccin se fait pressant, l’Afrique ne produit que 1% même s’il est prévu que cette capacité passe à 60% d’ici 2040.

D’autres défis doivent être relevés. Le professeur Souleymane Mboup décèle un besoin urgent de repenser la santé en Afrique où moins de la moitié des États ont accès à des établissements de santé moderne. Il urge également de rehausser le budget alloué à la santé car actuellement moins de 10% du PIB est consacré aux soins de santé dans la plupart des pays africains. Un autre besoin qui ne doit plus attendre, c’est le recrutement du personnel de santé qui, pour l’heure, est à son niveau le plus bas. Par exemple, deux agents de santé doivent s’occuper de 1000 personnes en Afrique contre 25 aux Amériques.

En somme, le Professeur Mboup préconise un leadership fort, des réponses guidées par des avis scientifiques, l’établissement de systèmes performants de surveillance sans oublier la construction de centres de recherches et d’excellence internationalement compétitifs  et d’unités de fabrication continentale de produits de sécurité sanitaire entre autres leviers pour faire face efficacement aux crises sanitaires.

Iressef bénéficiera d’un programme de Formation sur la RSE. Cette formation RSE vise essentiellement à donner au personnel de l’institut les connaissances et les compétences pour contribuer à la transformation durable de leur entreprise, en intégrant dans leurs métiers les enjeux du développement durable.

Celle-ci suite à la candidature de l’IRESSEF pour la mise en place de la Responsabilité Sociétale d’Entreprise & Développement Durable au niveau du CNP (Conseil National du Patronat) qui a été acceptée avec succès. Ainsi, IRESSEF fait partie des 6 entreprises sélectionnées et subventionnées (à hauteur de 100%) par la 3FPT pour être formé et accompagné.

C’est dans ce cadre que le Concept RSE &DD sera instauré à IRESSEF avec l’engagement et l’approbation du Professeur Souleymane MBOUP.

L’Institut de Recherche en Santé, de Surveillance Épidémiologique et de Formation (IRESSEF) abrite depuis ce lundi 21 juin trois types de formations que sont :

  • Une formation sur la décentralisation des tests de biologie Moléculaire
  • Une formation sur le diagnostic moléculaire et le génotypage des parasites du paludisme
  • Une formation sur le transport des échantillons infectieux

1  L’atelier de formation sur la décentralisation des tests moléculaires dans les régions du Sénégal permettra aux experts de l’IRESSEF de renforcer les techniciens et biologistes venus des différentes régions sur la détection moléculaire des microorganismes. L’objectif est surtout de leur permettre d’être autonomes et indépendants sur les méthodes de diagnostic moléculaires des pathogènes en général et du SARS-CoV-2 en particulier.

L’IRESSEF, avec sa plateforme génomique, un personnel jeune bien formé en génotypage et dans l’analyse bio-informatique des données, est autonome et aide les autres laboratoires du Sénégal à être indépendants sur le plan du diagnostic et de la recherche.

Il faut rappeler qu’à ce jour l’IRESSEF a réalisé 900 séquences du SARS-CoV-2 collectés essentiellement dans la région de Thiès et de quelques districts de Dakar et a isolé pour la première fois le variant B.1.1.7 (ALPHA) et récemment le variant B.1.617 (DELTA). L’IRESSEF fait de la recherche des variants d’intérêt une priorité et alerte à temps réel les autorités sanitaires du pays.

Sur les variants d’intérêt trouvés à IRESSEF 95% sont les variants ALPHA et 5% appartiennent à la lignée DELTA.

2- L’atelier de formation sur le diagnostic moléculaire et le génotypage des parasites du paludisme

En partenariat avec le MRC Gambie cet atelier est organisé dans le cadre des activités du réseau WANETAM (West African Network in Tuberculosis, AIDS and Malaria). Des biologistes et des techniciens de pays voisins tels que le Mali, la Gambie et le Burkina Faso mais aussi des biologistes et techniciens locaux de l’UCAD et de Institut Pasteur de Dakar y participent. Cet atelier permettra de mieux comprendre les concepts fondamentaux de la biologie moléculaire en tant qu’outil de diagnostic du paludisme et apprendre les pratiques d’assurance qualité et d’autres considérations dans la mise en place d’un laboratoire de biologie moléculaire pour l’élimination du paludisme

3- La formation sur le transport des échantillons infectieux

Cette formation est destinée en priorité aux personnels de laboratoire qui sont impliqués dans l’expédition des échantillons pour le diagnostic des maladies infectieuses à potentiel épidémique, en particulier celles présentant un risque majeur de dissémination (Coronavirus, Fièvre hémorragique, tuberculose, poliomyélite…).

Après cette formation d’une semaine, les participants venus des différents laboratoires du pays seront en mesures:

  • 1-D’appliquer les compétences techniques d’expédition des matières infectieuses par voie aérienne ou terrestre en conformité avec les directives actuelles sur la réglementation pour le transport des substances infectieuses
  • 2 -De référer aux directives actuelles sur la réglementation pour le transport des matières infectieuses
  • 3-De promouvoir une pratique d’emballages sûrs et appropriés pour l’expédition des échantillons par voie aérienne
  • 4-De faciliter les envois dans le respect de la réglementation en vigueur

Ce sera l’occasion aussi pour IRESSEF de faire le bilan sur les tests PCR et les différents variants qui existent au Sénégal.

Tous ces ateliers entrent dans le cadre du renforcement de capacité que l’institut prône pour accompagner les collègues sénégalais et africains sur l’autonomisation dans le domaine de la santé.

Tout part d’un transport d’échantillons dangereux en respectant toutes les normes de biosécurité requises. Ensuite des méthodes de diagnostic moléculaires fiables qui sont les méthodes de références pour la plupart des pathogènes et enfin l’identification par le génotypage.


Les mutations font partie du mode de fonctionnement normal pour les  virus. Leur survie dépend de ces mutations, qui vont leur permettre de s’adapter à leur environnement, aux différents hôtes qu’ils infectent.

Vers la fin de l’année 2020, on a observé une propagation des variants du coronavirus ( SARS-CoV-2 ) particulièrement contagieux

Selon l’Organisation mondiale de la santé (OMS) :

Le variant britannique est désormais retrouvé dans  70 pays et territoires au 25 janvier, soit 10 de plus qu’au 19 janvier

Le variant sud-africain qui, comme le britannique, est beaucoup plus contagieux que ne l’était le virus SARS-CoV-2 originellement, poursuit aussi sa propagation, et est désormais présent dans 31 pays et territoires, soit dans 8 pays de plus

Le variant brésilien a quant à lui été signalé dans six nouveaux pays, soit 8 au total. 

C’est ainsi que l’IRESSEF en collaboration avec des collaborateurs du «  MRC Unit The Gambia at LSHTM « ont  procédé au séquençage d’ échantillons de la deuxième vague du Sénégal par Whole Genome sequencing puis ont réalisé le génotypage avec la méthode des next generation sequencing ( NGS)

 

Nous vous informons avoir confirmé la présence d’un variant britannique SARS COV-2 dans ces échantillons.

 

Du fait que ces variants se transmettent plus rapidement, ce qui  pourrait expliquer la vitesse de propagation de la maladie dans certains pays, il est impératif d’appliquer scrupuleusement les mesures de prévention individuelle et collective .

Professeur Souleymane MBOUP

President IRESSEF